Muy poco se puede afirmar rotundamente sobre las circunstancias de la muerte de Colón y su entierro en Valladolid en 1506. Su fallecimiento en esa ciudad fue accidental, mientras seguía a la Corte de los nuevos reyes Juana y Felipe el Hermoso. Desde hace mucho, se especula que su fallecimiento pudo haber sido en la hospedería del convento de San Francisco, donde fue enterrado, o en un hospital anejo al mismo. Se descarta esta posibilidad, porque tal hospital era pequeño y destinado al albergue de indigentes transeúntes. Lo lógico, dadas las costumbres de la época y el estatus de Colón, adinerado y relacionado con la Corte, es que falleciese en la casa de algún particular vallisoletano a quien obligaran a alojar al almirante y a sus como mínimo siete criados. 

Cuando los reyes llegaban a una población, dado el carácter itinerante de la Corte castellana, sus habitantes estaban obligados a alojar en sus propias casas a los muchos acompañantes que la seguían. Eran esenciales los aposentadores reales, quienes designaban con antelación las casas particulares para alojar a los acompañantes en función de su categoría. Fray Antonio de Guevara (1480-1545), quien fue enterrado a escasos metros de la primera tumba de Colón, describe con ironía las molestias mutuas que se causaban aposentadores y aposentados. Según Guevara, era cuestión de gran importancia alojarse lo más cerca posible de los reyes: «el que más cerca posa, aquel más cierto priva». Por tanto, no es de extrañar que denunciase la costumbre de sobornar al aposentador para lograrlo.  

Sabemos el nombre de al menos cinco aposentadores reales que presumiblemente alojaron a Colón en una casa particular. También ahora conocemos a los dos aposentadores municipales, elegidos a sorteo entre los regidores vallisoletanos. En el testamento de Colón se citan dos vallisoletanos como testigos: el bachiller Mirueña y Gaspar de la Misericordia: probablemente alguno de los dos fuese quien alojó en su casa a Colón. 

Recreación de la sala capital donde, según se apunta, se enterró a Colón en 1506 - Foto: S. Virumbrales & C. Sánchez

Otro aspecto al que se ha dado luz, al menos en parte, es por qué  fue enterrado en la sala capitular de San Francisco de Valladolid. Nos da la pista un franciscano que escribió sobre el convento en 1660, Matías de Sobremonte: entre aproximadamente 1505 y 1515, hubo un regidor, Alonso de Montemayor, quien, con el beneplácito de tres guardianes consecutivos (superiores del convento), hizo y deshizo a su antojo en esa sala capitular, enterrando a quien quiso en ella, con desconocimiento de los que legítimamente podían sepultarse en tal lugar y cuidaban su culto, el conde de Cabra y sus herederos.  Fue Fray Francisco Tenorio quien tenía el cargo de guardián al morir Colón. Fray Matías insinúa que Montemayor y los tres guardianes pudieron haber sacado beneficio particular de estos enterramientos ilegales. 

Con esto, algo se aclara sobre las circunstancias de la muerte y entierro del Almirante. Queda la última novedad acerca de la capilla donde fue enterrado. El convento de San Francisco de Valladolid quedó demolido a partir de 1837, edificándose un nuevo barrio residencial en su solar por el que se abrieron dos nuevas calles. 

En 2006, Marcial Castro daba a conocer su investigación que situaba esa sala capitular aproximadamente en el eje de una de esas dos calles, la de Constitución. Diferentes autores también han trabajado el tema y con esto, en 2020, el Ayuntamiento promovió una excavación arqueológica en el área, tratando de encontrar los restos del héroe irlandés Red Hugh O'Donnell, también inhumado en la sala capitular, aunque sin éxito en ese aspecto. Sin embargo, esta intervención dio con las evidencias de los muros oriental y occidental de la sala, en donde aproximadamente Castro y otros la habían situado.  

Investigación genética. Actualmente se ultima una investigación genética sobre los restos de Colón ubicados en la catedral de Sevilla, cuyos resultados serán divulgados en unos meses mediante un documental producido por TVE. Relacionado con esto, Castro ha querido avanzar sus investigaciones y para ello contactó en 2021 con el arquitecto vallisoletano Juan Luis Sáiz Virumbrales. Este, con datos documentales, planos, análisis urbano y arquitectura comparada, dibujó la restitución de la planta de todo el convento de San Francisco de Valladolid, dando un emplazamiento a la sala capitular algo más al sur de la que propuso Castro. En diciembre de 2021 se hizo una prospección en el área mediante georradar gracias al citado documental, de la mano de la empresa Geozone y con dirección del arqueólogo Javier Quintana, de Patrimonio Global. 

Los resultados indican una posición para el muro norte de la sala casi idéntica a la que había dado Sáiz Virumbrales, dejando bien delimitado y cerrado el espacio, lo que se dio a conocer a los medios en abril de 2022. Además, Sáiz Virumbrales y el historiador del arte Francisco M. Morillo han elaborado unas recreaciones del convento y de esta sala capitular, basándose para la última en la del convento de San Francisco de Palencia, con el que el vallisoletano tenía parentesco arquitectónico, y distinta documentación. 

Por último, se publican los estudios completos que llevaron a estos resultados, para que académicos e interesados conozcan el proceso, y realicen en base a ello nuevas aportaciones. 

Además de Colón y Red Hugh O'Donnell, sabemos ahora que en la zona fueron enterrados otros personajes cercanos al último, en relación con los contactos hispanoirlandeses de principios del XVII, como el arzobispo de Dublín Fr. Mateo de Oviedo y el caballero irlandés MacWilliam de Burgo, además de artistas y literatos, como el músico Hernando de Cabezón. También hay estudios monográficos sobre estos personajes.